BAB 1 : RANCANG BANGUN STUDI ISLAM DI INDONESIA PADA ABAD XXI: UPAYA MEMPERTEMUKAN AGAMA DAN SAINS
BAB 2 : PERKEMBANGAN STUDI HUKUM ISLAM DI INDONESIA (STUDI TERHADAP PERSEPSI SARJANA BARAT TERHADAP HUKUM ISLAM DAN PENGARUHNYA TERHADAP STUDI HUKUM ISLAM DI IAIN)
BAB 3 : PEMIKIRAB ISLAM DI ERA 2000-AN DI INDONESIA: METAMORFOSIS PEMIKIRAN INTELAKTUAL MUDA NU
BAB 4 : INTERAKSI HAM DAN SYARIAH: POTRET INDONESIA PASKA ORDE BARU
BAB 5 : WACANA ISLAM POLITIK DI INDONESIA PASCA ORDE BARU
BAB 6 : SEMANGAT KEBERAGAMAN UMAT ISLAM PADA ERA GLOBALISASI: PANTULAN UNTUK INDONESIA
BAB 7 : KEKERASAN DAN TERORIS DI INDONESIA: PENGALAMAN KONFIK ACEH
BAB 8 : MENAKAR HARGA KEMARAHAN ORANG ACEH : ETNOGRAFI KEKERASAN DI INDONESIA
BAB 9 : PERKEMBANGAN ACEH PADA ERA DARURAT MILITER
BAB 10 : PEMIKIRAN MOHAMMAD NATSIR TENTANG HUBUNGAN ISLAM DAN NEGARA
BAB 11 : POSISI H.M RASJIDI (1915-2001) DALAM KONSTELASI PEMIKIRAN ISLAM DI INDONESIA
BAB 12 : KONTRIBUSI AZYUMARDI AZRA: STUDI SEJARAH SOSIAL ISLAM DI ASIA TENGGARA
BAB 13 : KONTRIBUSI NUR ALL DIN AL-RANIRI TERHADAP STUDI ISLAM DI NUSANTARA
EPILOG: MASA DEPAN INDONESIA BARU (CATATAN PAMUNGKAS)